Meshlabというソフトウエアですがアライメント機能があります！
フリーソフトですよ！無料無料！
アライメント機能を使いプリントモデル用インプラントレプリカを
リポジショニングできますね。
これでモデルビルダーも必要ないですねw
http://www.meshlab.net/

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